组织之缘起于1948年，星加坡会宁同乡会为着联络同乡感情起见，当年时任主席莫镜秋与总务萧照容于新年除夕前来吉隆坡、文冬、文良港、班底、金宝、怡保、瑞洛、万里望、按冬、务边、红毛丹、太平及槟城等埠，访问会宁团体，倡议加强同乡联系及组织会宁同乡总机构，所到各埠，无不同声响应，正所谓“邻舟忽闻同乡语，纵非相识也关情”，诚言不谬。

同年11月1日，假雪兰莪会宁公所召开初次代表筹备大会，商议组织之大纲，及推定星加坡会宁同乡会为筹备期间的会议召集人。

1949年1月31日，假怡保之霹雳会宁公会召开第二次代表大会，其会议决定总会名称，及设会所于星加坡，并通过组织大纲。6月25日，假太平会宁会馆召开第三次代表大会，推选星加坡负责总会社团注册事宜。

1954年3月2日，“马来亚会宁总会Malaya Wui Ning Chung Wui” 组成，并合资购置会所于星加坡。当年，星加坡会宁同乡会的邓达三乡贤及陈慕平乡贤为创会的正副理事长。

1968年12月6日，“马来亚会宁总会”改为“马星会宁总会”，同年将会所改建四楼，设邑侨招待所，备予全马各属会同乡来往星洲时停留歇宿，展开同乡福利。

总会鉴于同乡身故之善后安排，于1965年设立福利金组，专责办理善后事宜。後有鉴于教育对人民生活之重要性，于1976年将福利金盈余款项拨作会员子女中学奖励金。

1973年，因遵照政府注册法令， “马新会宁总会” 宣布正式解散。

“马新会宁总会” 解散后， 马来西亚各州会宁属会惟有另组”马来西亚会宁总会”。同年11月22日成功获得注册， 基于已不包括星加

坡会宁同乡会在内，而当初于星加坡所购置之会所， 亦在1979年被星加坡政府以土地征用法令下收回该会所地段，会址获政府赔偿金拾弍万元。其后，总会办事处一直附设在雪隆会宁公会会所内。

1986年大会通过总会长一职，其任期不得超过两届（2年为一届），以让各州属会轮流担任，参与领导工作。

1993年7月初，由四会市归国华侨联合会主席黄擎中和马来西亚会宁总会会长拿督张业荣发起 “第一届世界会宁联谊会” 于四会市举行，获得四会市府的支持。

“第一届世界会宁联谊大会”共有来自世界各地154人参与，代表的乡团有马来西亚108人、新加坡、香港、印度加尔各答、泰国、巴拿马、美国三藩市、加拿大、澳门、越南、南非等国家与祖居的四会市、广宁县

各单位的代表。大会通过决定每两年举行一次大会。

1997年6月30日，总会福利组因近数年来源入不敷支，加入福利组组员日渐短缺，以致福利组不胜负荷，经各州属会同意下，正式解散福利组。

2001年成立青年团，其组织是由各会宁乡会的青年团联合组成，主要任务以推动及协助各属会青年团活动之发展，加强团结合作和栽培会宁籍青年人才；第一届团长为谢水仁乡长。

2002年6月，砂拉越会宁同乡会配合庆祝诗巫广东芭垦场一百周年纪念，主办“第四届世界会宁联谊会”。

2010年为了汇集全国会宁妇女的强大力量，以作为总会的另一支柱，遂鼓励和推动属会之妇女组联合召开会议商讨成立 “总会妇女组筹委会” ，并委任雪隆会宁公会妇女组为召集人。2011年总会妇女组正式成立，第一任主任为申紟然乡长。

2010年6月出版会讯创刊号，2010年8月设立马来西亚会宁总会网站：www.huiningmalaysia.org。

2010年12月，总会会长拿督张业荣发动 “为会宁总会建立一个家的愿望” ，此意愿也是全国15个属会的共同心愿。有鉴于此，总会接受由霹雳会宁公会无任何附带条件捐献一块位于霹雳州怡保中和园梁典路的店位（20尺 X 70尺）兴建三层大厦会所。

总会三层大厦归属15个会宁属会的共同资产，每个属会平分肩负马币2万5千令吉的建筑费，以完成兴建会所的大业。

2011年7月9日举行兴建会所动土仪式，隔年即2012年9月，三层大厦会所终于完工。新会所的建峻，乃总会自1973年成立迄今达39年实现 “为会宁总会建立一个家的愿望” 。

2012年11月25日，配合总会主办 “第九届世界会宁联谊大会” ，并举行新会所落成开幕礼，新会所开幕主宾为马来西亚第二财政部长拿督斯里亚末胡斯尼。另外，来自中国肇庆市、四会市、广宁县的领队代表，香港、澳门、新加坡及全国会宁同乡会代表参与其盛，场面盛况空前。

总会成立迄今45年，在这期间通过康乐、文教、福利、互相拜访交流以及回乡寻根祭祖等活动加强联系，促进乡谊，以达致精诚团结与“会宁一家亲”的目标。